Arx Fatalis lấy bối cảnh một thế giới giả tưởng. Thế giới Arx bị đe dọa bởi sức nóng khủng khiếp của mặt trời và các loài sinh vật buộc phải lánh mình trong các hang động dưới mặt đất. Các màn chơi trong Arx sẽ diễn ra trong những hang động rộng lớn này nơi mà các chủng tộc như Troll, Goblin, Dwarve và Loài người cùng sinh sống.

Người chơi trong vai nhân vật chính sẽ tỉnh dậy trong một nhà ngục. Sau khi thoát ra ngoài, người chơi sẽ bắt đầu cuộc hành trình của mình, và cuối cùng khám phá ra rằng mình có nhiệm vụ to lớn là phải lật đổ và phong ấn Thần hủy diệt (God of Destruction) Akbaa, kẻ đang cố gắng thực hiện dã tâm nhằm thống trị và kiểm soát các chủng tộc tại Arx.